Pemilihan apakah dilakukan pemilihan ulang atau proses pemilihan dilanjutkan langsung ke penghitungan suara. Pasalnya meski pemilihan sudah berjalan, namun karena diprotes sejumlah elemen mahasiswa, senat STAIN menggelar pemilihan ulang.
Namun di satu sisi Kementerian Agama Republik Indonesia menolak pemilihan ulang calon ketua STAIN Jember. Sesuai ketentuan, selama tidak ada cacat administrasi, akademis dan sesuai ketentuan statuta, proses pemilihan calon ketua STAIN Jember seharusnya dilanjutkan dengan perhitungan suara.